Если верить топонимическим справочникам, то правильное написание Кöк-Öрö, хотя на въезде в деревню стоит гордая вывеска Кöкöрÿ.
Исходя из тех же справочников, прилагательное кöк является определяющей частью в сложных наименованиях рек, ручьев, озер, населенных пунктов и прочего, и прочего, и прочего, и имеет значение — голубой, синий, сизый. Слово öрö у алтайцев означает — верх; верхняя часть. Что означает öрÿ, мне найти так и не удалось.
Получаем буквальный перевод — Синий верх.